Кафедру ботаніки, фізіології рослин та садово-паркового господарства Новоросійського університету було створено одночасно із заснуванням університету у 1865 р. і всі зміни, що проходили при розвитку і становленні університету, так чи інакше відображені в її історії. Але завжди тут працювали сумлінні, віддані ботаніці люди, що прагнули не лише самими пізнати оточуючий світ, але й заохотити молоде покоління, яке в свою чергу виховувало нових учнів.

Протягом майже 45 років після заснування кафедра іменувалася кафедрою ботаніки. Наступні приблизно 70 років її було поділено на дві кафедри: морфології та систематики рослин і анатомії та фізіології рослин. З 1978 року це знову одна кафедра ботаніки. Історія кафедри пов’язана з іменами багатьох видатних ботаніків, що зробили великий внесок у розвиток науки, методику викладання і виховання студентів. 

Першим завідувачем кафедри був Л. С. Ценковський (1822-1887), який не лише мав яскраву особистість і міг бути взірцем того, як, цілком віддаючи себе науці, можна залишатися уважною цікавою людиною. Він був засновником і першим президентом Новоросійського товариства природознавців, почесним членом майже усіх російських природничо-історичних товариств, Лондонського мікробіологічного товариства, членом-кореспондентом Петербурзької Академії наук, Німецького ботанічного товариства. Його ідеї та наукові надбання лягли в основу створення і розвитку кафедр ботаніки, гідробіології, мікробіології університету. Він уперше показав спорідненість між рослинами та тваринами, розробив метод щеплення проти сибірки тощо. Саме Л. С. Ценковський заснував ботанічну лабораторію на кафедрі ботаніки і гідробіологічну станцію в Севастополі. Він уперше ввів в учбовий процес мікроскоп, був прекрасним лектором, який міг, за висловом І. І. Мечникова, збуджувати священний вогонь у слухачів.

Одночасно з ним на кафедрі працювали О. О. Янович (1831-1871), що захистив докторську дисертацію з проблем мікології, Є. М. Деларю – у подальшому професор Харківського університету, І. Ф. Кощуга, М. К. Срединський – у подальшому відомий спеціаліст з рослинних насаджень залізниць.

Я. Я. Вальц (1841-1904) працював в Новоросійському університеті у 1871-1881 рр. спочатку ординарним професором, а потім завідувачем кафедри ботаніки. Це був яскравий вчений, блискуча, талановита людина, популяризатор і організатор науки, президент Новоросійського товариства природознавців. Він був одним з перших у Росії, хто вивчав проблеми онтогенезу водоростей і грибів. Його ім’ям В. А. Ротерт назвав один з видів жовто-зелених водоростей з роду Вошерія.  Одночасно на кафедрі працював О. М. Волков (1849-1928), чиї дослідження з проблем геотропізму увійшли до відомого підручника А. Сакса. Однак, через хворобу у 1880 році він подав у відставку і надалі захопився живописом. До речі, його картини, які він малював під прізвищем Руссов, мали великий успіх, особливо в Англії.

У 1880-1885 рр. кафедрою ботаніки і ботанічним садом керував Л. В. Рейнгард (1847-1920), який започаткував детальні альгологічні дослідження регіону. Його наукові інтереси включали морфологію, будову і розвиток харових, вольвоксових та діатомових водоростей. Л. А. Рішаві (1851-1915) змінив Л. В. Рейнгарда на посту завідувача кафедри ботаніки у 1885 році. Його наукові інтереси були пов’язані із вивченням тропізмів рослин, історії розвитку, морфології і систематики морських водоростей. Саме він припустив середземноморське походження чорноморської альгофлори. Його роботи з проблем дихання рослин увійшли до підручників того часу. Тоді на кафедрі працювали М. Л. Окіншевич з опису дендрофлори Бессарабії, М. Д. Вахтель – з виявлення проблем геотропізму, В. Ф. Хмелевський – з вивчення альгології Бессарабії тощо.

У 1893 році кафедрою почав завідувати Ф. М. Каменський (1851- 1912) – вчений, що захоплювався рішенням багатьох проблем, серед яких і особливості харових водоростей, і перший опис такого явища в житті рослин як мікориза. Серед інших викладачів кафедри того часу слід вказати прізвище випускника Новоросійського університету М. М. Альбова (1855- 1897) -  в подальшому відомого дослідника флори Південної Америки, О. Г. Генкеля, в подальшому професора ботаніки Пермського університету та інших.

Завідувачами кафедри анатомії та фізіології рослин у ХХ сторіччі працювали В. А. Ротерт, В. В. Половцов, Ф. М. Породко, Г. А. Боровіков, С. І. Лебедєв, М. В. Домбровська, Г. В. Ткаченко, а кафедри морфології та систематики рослин – Б. Б. Гриневецький, М. М. Зеленецький, Д. О. Свиренко, Г. Й. Потапенко, І. І. Погребняк.

У 1978 році кафедри були об’єднані у кафедру ботаніки, яку очолив В. Т. Коваль, з 1999 року – Г. А. Швець, а з 2014 р. по теперішній час очолює Ф. П. Ткаченко. У 2022 р. кафедра отримала нову назву: ботаніки, фізіології рослин та садово-паркового господарства.

В. А. Ротерт – блискучий лектор, надзвичайно працездатна і інтелігентна людина разом із своїми учнями (в подальшому професорами) – Г. А. Боровіковим, І. Д. Щербаком, Ф. М. Породком заклали основи для подальшого розвитку вчення про фітогормони. Серед його видатних учнів був також А. О. Сапєгін (1888-1946) – у подальшому академік АН УРСР, випускник Новоросійського університету, спочатку біолог, що захоплювався мохами, а потім видатний селекціонер і генетик. А. М. Криштофович (1885-1953) – у подальшому дійсний член АН УРСР, член-кореспондент АН СРСР, лауреат Державної (Сталінської) премії СРСР 1946 р., видатний вчений-палеоботанік, після закінчення університету був на кафедрі спочатку професорським стипендіатом (аспірантом), а потім працював лаборантом і доцентом.

Проф. Б. Б. Гриневецький (1875-1963) під час роботи в університеті вивчав флору і рослинність Кавказу, Польщі, Литви і одночасно вивчав продихи листя рослин, де його праці стали класичними. У подальшому він став дійсним членом АН Польщі та засновником і першим головою Польського ботанічного товариства і Ліги з охорони природи.

І. В. Новопокровський (1880-1951) працював у Новоросійському університеті у 1905-1906 рр., вивчаючи флору околиць Одеси. В історії біології він залишився як палеоботанік і ботанік, знавець флори Казахстану, доктор біологічних наук, завідувач Середньо-азійського гербарію у Ботанічному інституті.

Ф. М. Породко (1877-1948) завідувач кафедри анатомії і фізіології рослин понад 30 років (1916-1948), декан біологічного факультету, учень Д. І. Івановського, автор двотомника «Хемотропізм коріння», низки робіт з проблем проростання насіння. До речі, останній науковий напрям розвивали його аспіранти, у подальшому доктори біологічних наук, Б. М. Авксентьєв і А. І. Дьоміна. Продовжується цей напрям і зараз у сучасних дослідженнях кафедри.

З 1916 року працював на кафедрі І. Л. Сербінов (1872-1925) – відомий міколог, мікробіолог, фітопатолог, основоположник вивчення бактеріальних хвороб рослин, автор багатьох підручників з мікробіології.

М. М. Зеленецький (1859-1923) очолював кафедру морфології і систематики рослин у роки громадянської війни. Це був талановитий дослідник, відомий флорист і гербаризатор, прекрасний лектор і вихователь молоді. Його учнями були О. М. Морозова-Попова, В. Ф. Пастернацька, Л. Д. Басарська, Г. Й. Потапенко – у подальшому відомі у регіоні і країні ботаніки.

Керував кафедрою морфології і систематики у 1923-1928 рр. і Д. О. Свиренко (1888-1944) – один із найбільш видатних альгологів Радянського Союзу, член-кореспондент АН СРСР, відомий науково-педагогічний і громадський діяч, що сформував в Одесі альгологічну школу, де працювали тоді аспіранти П. П. Ширшов, В. Г. Танфільєв, О. Д. Андрєєв та інші, які досягти великих успіхів у науці.

Одним із найталановитіших учнів Г. І. Танфільєва, М. М. Зеленецького та В. В. Половцова був Г. Й. Потапенко (1889-1982), випускник Новоросійського університету, який у 1928-1943 рр. очолював кафедру морфології і систематики рослин. Його учнями були І. І. Погребняк, А. З. Жаренко, Л. А. Шапошнікова, М. В. Домбровська, О. А. Гурська та інші. І. І. Погребняк (1908-1982) – доктор біологічних наук, завідувач кафедри морфології та систематики рослин більше 30 років, відомий альголог і знавець флори нижчих рослин Одеської затоки Чорного моря і причорноморських лиманів, вимогливий дослідник, що виховав майбутніх докторів наук, таких як М. О. Гусляков, Ф. П. Ткаченко, що продовжили традиції вчителя, багатьох вітчизняних та зарубіжних аспірантів. М. О. Гусляков (1950-2004) – спочатку викладач кафедри, потім завідувач кафедри гідробіології у 1990-2004 рр., автор понад 100 наукових робіт, науковий керівник кандидатських дисертацій В. П. Герасим’юка, О. Неврової та інш. Проблеми альгофлори на кафедрі вивчали також Н. М. Пашковська, О. А. Гурська, С. М. Мілютіна, А. К. Ареф’єва, що досліджувала також гриби і дендрофлору, та ін. Великий внесок у вивчення та збагачення дендрофлори регіону зробила доцент А. З. Жаренко, в той час як Л. А. Шапошнікова, М. Г. Кожура вивчали особливості трав’янистих рослин, а професор А. І. Дьоміна – різноманіття лікарських рослин, особливо полинів півдня України.  

С. І. Лебедєв (1904-1992) – ректор ОДУ та завідувач кафедри анатомії і фізіології рослин у 1953-1959 рр., дослідник фізіологічної дії мікроелементів, пігментних систем та продуктивності водоростей Чорного моря. Науковий керівник кандидатських дисертацій О. І. Санникової (1926-1999), М. В. Голубцової (1925-1974), І. О. Ярцевої (1918-1997), що стали доцентами ОДУ, К. М. Ситніка та М. В. Моргуна, що стали академіками, та багатьох інших вітчизняних та зарубіжних вчених.

У 1959-1960 рр. кафедрою фізіології рослин керувала М. В. Домбровська, а потім з 1961 по 1978 рр. – проф. Г. В. Ткаченко, чиї наукові інтереси були пов’язані з вивченням фізіолого-біохімічних реакцій рослин винограду на використання фізіологічно активних речовин, мікроелементів, фосфорних добрив тощо. Серед тих, чия робота виконувалась під його керівництвом, згадаємо доцентів кафедри В. Т. Коваля, Г. А. Швець, С. Г. Коваленко, у подальшому доктора біологічних наук В. Г. Курьяту та інших.

Як зазначалося вище, об’єднання кафедр відбулося у 1978 році і новостворену кафедру ботаніки очолив В. Т. Коваль (1936-1999), який у 1982-1987 рр. був деканом біологічного факультету. Це була високо порядна, інтелігентна, вимоглива до себе і оточуючих людина, ретельний дослідник фізіологічної дії мікроелементів, впливу вітамінів на проникнення мембран мітохондрій і т. і. З 1999 по 2014 р. кафедру очолювала Г. А. Швець. З 1978 року на кафедрі працювали також І. П. Ружицька (1937-2009), С. Г. Коваленко, С. Є. Дятлов, Т. В. Васильєва, В. В. Немерцалов, О. Б. Куцин, М. О. Лесіна, З. Є. Захарієва, С. М. Мілютіна, Л. І. Юлешкіна. Зараз завідувачем кафедри є професор Ф. П. Ткаченко. До сьогоденного складу співробітників кафедри ботаніки, фізіології рослин та садово-паркового господарства входять доценти В. П. Герасимюк, О. Б. Паузер, О. М. Попова, О. М. Ружицька, О. Ю. Бондаренко, А. О. Кадуріна, В. О. Кузнєцов, І. П. Якуба, Ю. С. Назарчук, а також Л. В. Мурсанова та Ю. В. Рибак.

У 2018 р. на кафедрі розпочата підготовка спеціалістів за спеціальністю 206 «Садово-паркове господарство». Основний вклад в її становлення належить доцентам Ю. С. Назарчук і А. О. Кадуріній.

Випускники кафедри гідно продовжують традиції, закладені ще у Новоросійському університеті. За роки свого існування кафедра підготувала багато вчених і педагогів, що працювали і працюють не лише в Україні, але й у Німеччині, Польщі, Болгарії, Словаччині, Монголії, Лаосі, на Кубі і в інших куточках світу. Як видно з короткого переліку, основні напрямки наукової роботи кафедри були пов’язані із вивченням альгофлори, ліхенобіоти, наземної флори регіону, визначенням низки фізіологічних показників при дії на рослини фізіологічно активних речовин, мікроелементів, абіотичних факторів. 

Наукові напрямки, які розробляються на кафедрі зараз, пов’язані із вивченням наземної і водної флори Причорномор’я, його мікобіоти, практичним використанням водоростей та грибів, виявленням та охороною рідкісних та зникаючих видів рослин, дослідженням колекцій гербарію ОНУ, визначенням фізіологічної дії мікроелементів, питаннями старіння та стимуляції проростанням насіння різних культур, вивченням міграції елементів живлення й важких металів у природних і штучних біоценозах. Окрема увага приділяється питанням проектування, створення та експлуатації обʼєктів садово-паркового господарства з урахуванням сучасних біоценотичних підходів, реконструкції і реставрації садово-паркових об’єктів різного функціонального призначення, питанням символіки в садово-парковому мистецтві.