Військова кафедра Одеського гідрометеорологічного інституту була створена згідно з Постановою Кабінету Міністрів України від 19 серпня 1992 року № 490 “Про реформу системи військової освіти”.

Наказом ректора Одеського гідрометеорологічного інституту від 22 жовтня 1992 року № 86 у Одеському гідрометеорологічному інституті була відкрита військова кафедра. Військова кафедра Одеського гідрометеорологічного інституту перейменована у кафедру військової підготовки Одеського гідрометеорологічного інституту згідно з Директивою Міністра оборони України від 02 листопада 2000 року № Д 115/1/0425. Кафедра військової підготовки Одеського гідрометеорологічного інституту перейменована у кафедру військової підготовки Одеського державного екологічного університету згідно з Директивою Міністра оборони України від 17 червня 2002 року № Д 115/1/07.

Кафедру військової підготовки Одеського національного університету імені І. І. Мечникова створено шляхом приєднання Одеського державного екологічного університету до Одеського національного університету імені І. І. Мечникова згідно з розпорядженням Кабінету Міністрів України від 05.01.2024 № 7-р «Про реорганізацію Одеського державного екологічного університету та Фізико-хімічного інституту захисту навколишнього середовища і людини МОН України та НАН України», спільною директивою Міністра оборони України та Головнокомандувача Збройних Сил України від 10.06.2024 № Д-321/62/дск «Про проведення додаткових організаційних заходів у Збройних Силах України в 2024 році», директивою командувача Повітряних Сил Збройних Сил України від 11.06.2024 № Д-193/104/22/ДСК/ОШ «Про проведення додаткових організаційних заходів у Повітряних Силах Збройних Сил України в 2024 році».

Першим начальником кафедри було призначено начальника метеорологічної служби 5-ї Повітряної армії полковника КОНКІНА Володимира Васильовича, який на посаді начальника та завідувача очолював її до квітня 2010 р.

З квітня 2010 р. по цей час кафедру військової підготовки очолює кандидат географічних наук, доцент, полковник ГРУШЕВСЬКИЙ Олег Миколайович. Кафедра військової підготовки є військовим навчальним підрозділом Одеського національного університету імені І. І. Мечникова в якості окремого структурного підрозділу.

З питань організації підготовки військових фахівців та комплектування кадрами згідно з наказом Міністра оборони України від 24 січня 2006 року № 30 “Про управління системою військової освіти Збройних Сил України” кафедра підпорядкована командувачу Повітряних Сил Збройних Сил України.

Положення про кафедру військової підготовки Одеського національного університету імені І. І. Мечникова, затверджене спільним наказом Міністерства освіти і науки України та Міністерства оборони України від 21.02.2025 р. № 332/131