ПРОГРАММА VII ЛЕТНЕЙ ШКОЛЫ
ПРОГРАММА VIІ ЛЕТНЕЙ ШКОЛЫ
«МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ И БИОТЕХНОЛОГИЯ»
Одесса, 5 июня - 20 июня 2012
Теоретический курс (20 час)- Биосенсоры.
Практический курс (60 час)
Лабораторное занятие 1
Фаги порядка Caudovirales. Бактериофаги Escherichia coli: Т7 (семейство Podoviridae), лямбда (Syphoviridae), Р1 и Т4 (Myoviridae). Классификация. Морфотипы, организация вирионов. Вирионная ДНК.
Титрование фагов. Фаговые бляшки (плаки), их связь с морфотипом, размером вирионов и природой вирусов.
Препаративное получение фаговых частиц. Метод слитного лизиса чувствительной культуры Концентрирование фаговых частиц методом ПЭГ-преципитации (процедура Ямамото).
Выделение вирионной ДНК. Правила работы с ДНК.
Рестрикционный анализ. Идентификация бактериальных вирусов по рестрикционным паттернами их геномов.
Лабораторное занятие 2
Молекулярная генетика умеренного колифага Р1. Общая и специализированная Р1-трансдукция генетических маркеров. Плазмидный профаг. Фаговая система рестрикции-модификации ЕсоР.
Температурная индукция лизогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
Получение и тестирование Р1-лизогенов.
Плазмидные профили лизогенов.
Ограничение продуктивного развития бактериофага лямбда в клетках E. coli (Р1) за счет R/М системы ЕсоР1.
Лизогенизация фагом P1::Tn9 клеток Erwinia carotovora.
Инкорпорация транспозона Tn9 в криптическую плазмиду рСА25 E.carotovora.
Лабораторное занятие 3
Плазмидные профили бактерий. Форма и размер внехромосомных кольцевых ДНК.
Особенности выделения плазмид у грамотрицательных бактерий из природных экологических ниш. Щелочной метод Kado и Liu.
Изоляция плазмидного профага Р1 и плазмид энтеробактерий F, RP4, pCA25, рСА25::Tn9. Электрофоретическое разделение плазмидной ДНК. Зависимость электрофоретической подвижности ДНК от ее размера.
Лабораторное занятие 4
Ионообменная и гель-фильтрационная хроматография вирионов и их компонентов. Принципы жидкостной хроматографии. Хроматография высокого и низкого давления. Современное оборудование для хроматографии. Выделение вирионов фага Р1 иТ7. Анализ профилей элюции.
Лабораторное занятие 5
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) – синтез определенного фрагмента ДНК in vitro. Разновидности ПЦР. ПЦР-диагностика бактериального рака винограда: выявление последовательностей Ті-плазмиды патогенных штаммов Agrobacterium tumefaciens и Agrobacterium vitis. Метод “био-ПЛР” в диагностике болезней растений. Правила работы в ПЦР-лаборатории
Выделение плазмидной ДНК методом теплового лизиса бактериальных клеток. Реакционные смеси для проведения ПЦР.
Амплификация последовательностей Ті-плазмиды штаммов Agrobacterium tumefaciens и Agrobacterium vitis.
Электрофорез продуктов ПЦР.
Лабораторное занятие 6
Применение кластерного анализа при построении родственных связей. Построение филограмм при помощи компьютерных программ.
Множественное выравнивание как предварительный этап при анализе родственных связей.
Ознакомление с основными пакетами программ, используемыми в филогении (программы on-line).
Ознакомление с программой по анализу первичной последовательности и построении на ее основе филограмм (пакет MatLab).