ПРОГРАММА VIІ ЛЕТНЕЙ ШКОЛЫ

«МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИКРОБИОЛОГИЯ И БИОТЕХНОЛОГИЯ»

Одесса, 5 июня  - 20 июня 2012

Теоретический курс (20 час)- Биосенсоры.

Практический курс (60 час)

Лабораторное занятие 1

Фаги порядка Caudovirales. Бактериофаги Escherichia coli: Т7 (семейство Podoviridae), лямбда (Syphoviridae), Р1 и Т4 (Myoviridae). Классификация. Морфотипы, организация вирионов. Вирионная ДНК.

Титрование фагов. Фаговые бляшки (плаки), их связь с морфотипом, размером вирионов и природой вирусов.

Препаративное получение фаговых частиц. Метод слитного лизиса чувствительной культуры Концентрирование фаговых частиц методом ПЭГ-преципитации (процедура Ямамото).

Выделение вирионной ДНК. Правила работы с ДНК.

Рестрикционный анализ. Идентификация бактериальных вирусов по рестрикционным паттернами их геномов.

Лабораторное занятие 2

Молекулярная генетика умеренного колифага Р1. Общая и специализированная Р1-трансдукция генетических маркеров. Плазмидный профаг. Фаговая система рестрикции-модификации ЕсоР.

Температурная индукция лизогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].

Получение и тестирование Р1-лизогенов.

Плазмидные профили лизогенов.

Ограничение продуктивного развития бактериофага лямбда в клетках   E. coli (Р1) за счет R/М системы ЕсоР1.

Лизогенизация фагом P1::Tn9 клеток Erwinia carotovora.

Инкорпорация транспозона Tn9 в криптическую плазмиду рСА25 E.carotovora.

Лабораторное занятие 3

Плазмидные профили бактерий. Форма и размер внехромосомных кольцевых ДНК.

Особенности выделения плазмид у грамотрицательных бактерий из природных экологических ниш. Щелочной метод Kado и Liu.

Изоляция плазмидного профага Р1 и плазмид энтеробактерий F, RP4, pCA25, рСА25::Tn9. Электрофоретическое разделение плазмидной ДНК. Зависимость электрофоретической подвижности ДНК от ее размера.

Лабораторное занятие 4

Ионообменная и гель-фильтрационная хроматография вирионов и их компонентов. Принципы жидкостной хроматографии. Хроматография высокого и низкого давления. Современное оборудование для хроматографии. Выделение вирионов фага Р1 иТ7. Анализ профилей элюции.

Лабораторное занятие 5

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) – синтез определенного фрагмента ДНК in vitro. Разновидности ПЦР. ПЦР-диагностика бактериального рака винограда:  выявление последовательностей Ті-плазмиды патогенных штаммов Agrobacterium tumefaciens и Agrobacterium vitis. Метод “био-ПЛР” в диагностике болезней растений. Правила работы в ПЦР-лаборатории

Выделение плазмидной ДНК методом теплового лизиса бактериальных клеток. Реакционные смеси для проведения ПЦР.

Амплификация последовательностей Ті-плазмиды штаммов Agrobacterium tumefaciens и Agrobacterium vitis. 

Электрофорез продуктов ПЦР.

Лабораторное занятие 6

Применение кластерного анализа при построении родственных связей. Построение филограмм при помощи компьютерных программ.

Множественное выравнивание как предварительный этап при анализе родственных связей.

Ознакомление с основными пакетами программ, используемыми  в  филогении (программы on-line).

Ознакомление с программой по анализу первичной последовательности  и построении на ее основе филограмм (пакет MatLab).